Der Seetransport ist zwar der umweltfreundlichste, günstigste und auch sicherste Weg, Waren und Güter zu befördern, doch ohne Gefahren und Risiken ist auch die Schifffahrt nicht. Dabei ist jedoch zwischen Einflüssen von Naturgewalten und technischen Aspekten einerseits sowie Gefahren durch Dritte andererseits zu unterscheiden. Gerade in jüngster Zeit sind die Themen Piraterie, Drogenschmuggel, blinde Passagiere und terroristische Akte stärker ins Bewusstsein von Öffentlichkeit wie Verantwortlichen gerückt.
Nach dem Anschlag auf das World Trade Center im September 2001 - allgemein bekannt als "9/11” - wurden von der IMO relativ schnell deutlich strengere Sicherheitsregeln zur Gefahrenabwehr aufgestellt. Eine erste Maßnahme war das von den US-Behörden initiierte C-TPAT-Abkommen (Customs Trade Partnership Against Terrorism). Den darin gesetzten Zielen entsprechend hatte Hanseatic Lloyd alle Sicherheitsvorkehrungen an Bord aufgelistet, geprüft, überarbeitet und in einem Handbuch zusammengefasst. Sensible Bereiche an Bord - etwa die Brücke, Maschinen-, Versorgungs-, Stau- und Laderäume - wurden als Sicherheitszonen definiert. Das Handbuch wurde vom US-Zoll gebilligt und anerkannt (siehe OnBoard Nr. 1 von Juli 2003).
Die heute aktuellen Bestimmungen sind weitgehend unter dem Dach eines internationalen Sicherheitskodex zum Schutz gegen Terror (ISPS-Code, im englischen: International Ship and Port Facility Security) zusammengefasst, der wiederum Bestandteil des SOLAS-Regelwerks ist, das von nahezu allen seefahrenden Nationen ratifiziert ist. Der ISPS-Code ist seit Mitte 2004 in Kraft. Die EU hat dessen wesentliche Teile übernommen und in verbindliches EU-Recht umgewandelt. Ziel ist es, die Sicherheit von Schiffen und Häfen durch standardisierte und nachprüfbare Maßnahmen weltweit zu verbessern.
Um 10 % auf 263 ist die Zahl von Piratenüberfällen im Jahr 2007 gestiegen, hatte das International Maritime Bureau (www.icc-ccs.org) in Kuala Lumpur im Januar bekannt gegeben. Vor allem deutlich mehr Überfälle vor Somalia und Nigeria hatten die Zahlen nach oben geschraubt. Ein weiterer Schwerpunkt ist weiterhin Südostasien, insbesondere die Straße von Malacca, auch wenn dort die Maßnahmen gegen Piraten-Attacken mittlerweile Ansätze von Wirkung zeigen.
Der ISPS-Code zielt sowohl auf schiffs- und reedereibezogene Sicherheitskonzepte ab wie auch auf Häfen und Hafenbetreiber. Eine Gefährdungsanalyse ist durchzuführen, ein von einer Klassifikationsgesellschaft oder dem Flaggenstaat genehmigter Schiffs-Sicherheitsplan aufzustellen und Sicherheitsoffiziere zur Gefahrenabwehr auf Schiffen und in der Reederei sind zu benennen. Das verbindlich vorgeschriebene "International Ship Security Certificate“ (ISSC) ist alle fünf Jahr zu erneuern und unterliegt einer Zwischenbesichtigung nach 2 ½ Jahren durch die zuständige Organisation. Doch was nützt das beste Konzept, wenn es nicht trainiert wird: Unterschiedliche Sicherheitsübungen sind deshalb in regelmäßigen Abständen durchzuführen. Ähnliches gilt für die Häfen.
Bestandteil der Maßnahmen war auch die Einführung des Automatischen Identifizierungs-Systems AIS. Dabei handelt es sich um ein automatisches schiff-, land- und luftgestütztes Kommunikations- und Informationssystem zum Austausch nautischer Daten. Die Identität eines Schiffes, Größe, Ladung, Bestimmungshafen wie Kurs, Fahrt oder Drehkreis werden mit AIS übermittelt. Die Informationen können in elektronischen Seekarten sichtbar gemacht werden. Mit AIS ist eine nahezu vollständige Erfassung des Verkehrsgeschehens im Seeraum, auf Reeden und speziell in Ansteuerungsbereichen und den Hafenanlagen möglich. Die Verkehrslenkung wird damit deutlich erleichtert, aber auch ein Schiff ist detailliert über seine Umgebung informiert und kann früher reagieren. Aufgrund des verhältnismäßig engmaschigen Netzes von nachvollziehbaren Informationen (in Kombination mit dem gewöhnlichen Radar) kann man auch risikobehaftete Objekte (etwa nicht identifizierbare Schnellboote) einfacher erkennen.
Im Zentrum vieler Maßnahmen steht, eine bedrohliche Situation möglichst gar nicht erst entstehen zu lassen. Sollte es aber trotzdem einmal zu einem Überfall auf einem Schiff kommen, so sind mittlerweile auf jedem Schiff (über 500 BRZ) verdeckte Alarmknöpfe (Ship Security Alert System, SSAS) installiert. Mit diesem wird bei Vorliegen eines Piraterie- oder Terror-Angriffs ein Alarmsignal an die Reederei und die zuständige Behörde des Flaggenstaats übermittelt, wenn die Sicherheit des Schiffs unmittelbar bedroht oder beeinträchtigt ist. Geeignete Hilfsmaßnahmen werden daraufhin unverzüglich mit den Beteiligten abgestimmt und eingeleitet.